Na današnji dan 1922. godine, na inicijativu doktora Borisa Novaka i doktora Miloša Škarice, osnovana je, Gradska knjižnica. U onodobnom tisku mogu se pratiti brojne vijesti koje govore o mnogim darovateljima i narastanju knjižnoga fonda. Naime, knjižnica je u prvim danima djelovala s veoma oskudnim brojem knjiga, samo 1.105, a u nju je bilo učlanjeno samo 26 Šibenčana. Međutim, godinu dana kasnije, u veljači 1923., bilo je već 406 građana koji su plaćali članarinu, a fond je povećan na 2.681 knjigu.
Gradska knjižnica, koja je u međuvremenu promijenila ime u Narodna knjižnica, objedinjena je 1. siječnja 1966. s Naučnom bibliotekom, osnovanom 1962., u Gradsku biblioteku. Ime Jurja Šižgorića Šibenčanina Knjižnica je ponijela 29. prosinca 1970., u povodu obljetnice rođenja velikoga hrvatskog humanista.
Prije Drugoga svjetskog rata Knjižnicu je vodio knjižničar Matko Maćo Milin, koji je objavio više književnih djela koja su ostavila traga u kulturnom životu grada, a kasnije su je vodili Nikola Perketa, Zora Karmanski, koja je utemeljila Naučnu biblioteku, potom Emica Bego.
Od 1966. Knjižnica je bila smještena u plavom neboderu, podalje od gradskog središta. U prosincu 2005. uselila je u novi prostor u središtu grada, u zgradu na Poljani sagrađenu, prema projektu šibenskog arhitekta Ivana Vitića, na mjestu na kojem se nekoć nalazila Narodna kavana s Narodnom slavjanskom čitaonicom. Uoči preseljenja Milivoj Zenić, dugogodišnji ravnatelj Knjižnice, u svojoj je poruci istaknuo da ‘očekujemo da će nova knjižnica omogućiti budućim naraštajima da, poput naših starih, korespondiraju sa svim europskim i svjetskim intelektualnim i duhovnim zbivanjima’.
Od Zenićeve smrti 2011. godine Knjižnicu vodi Vilijam Lakić.
